Здравствуйте. Стандартный налоговый вычет в сумме 1 000 000 рублей, предоставляется налогоплательщику не на каждый продаваемый объект, а в целом по налоговому периоду. В Вашей ситуации Вы можете использовать стандартный налоговый вычет при продаже дома, и вычет в размере понесённых и документально подтверждённых расходов, связанных с приобретением участка. Два разных договора делать нет смысла, так как на налоговые последствия это не окажет никакого влияния, а дом всегда следует судьбе земельного участка, на котором расположен.

Добрый день!
Ответ однозначный: Да можно будет уменьшить доход, полученный от продажи дома (с земельным участком) на сумму 2 млн. руб. в том порядке, как изложено в вопросе, если в договоре будет указана стоимость земельного участка не менее 1млн. руб. и стоимость дома - не менее 1млн.руб.
Для определения налогооблагаемого дохода при составлении налоговой декларации 3-НДФЛ будут учитываться отдельно доходы от продажи одним договором, но двух объектов: доход от продажи дома и доход от продажи земельного участка.
По каждому объекту налогооблагаемой будет большая из сумм: сумма, указанная в договоре или 70% от кадастровой стоимости объекта. А уже эта сумма по дому может быть уменьшена на имущественный налоговый вычет в пределах 1млн.руб., а по земельному участку - в пределах документально подтвержденных расходов, связанных с его приобретением.
Успеха!

Два договора Вы и сделать не сможете. Такой договор просто не зарегистрируют. Один договор, стандартный вычет 1 м.р. по дому, а по участку расходы (расходы это не вычет, это ВМЕСТО использования права на вычет).